O Núcleo Museológico encontra-se repartido por dois pisos e apresenta-se, atualmente, ao público num circuito que salienta os vários aspetos da história da instituição. No primeiro piso, poderá observar-se um interessante conjunto de arte sacra, contando com as peças mais antigas da instituição e o Arquivo Histórico.

Na entrada do Núcleo Museológico, temos a Sala dos “Pianos” com uma liteira de finais do século XVIII, alguns quadros – entre eles, o da Santa Gertrudes a Magna (século XVIII) – e um cofre de 1940.